Subrogation des IJSS en paie : conditions, DSN, net imposable, comptabilisation et suivi des indemnités

Le principe et le texte : article R323-11 du code de la sécurité sociale

L'article R323-11, dans sa version issue du décret n° 2021-428 du 12 avril 2021, interdit à la caisse de suspendre l'IJ au motif que le salaire est maintenu, puis distingue trois situations.

• Salaire maintenu en totalité : l'employeur est subrogé de plein droit dans les droits du salarié aux indemnités journalières, quelles que soient les clauses du contrat.
• Salaire maintenu sous déduction des IJ : l'employeur qui paie sans opérer cette déduction est subrogé pour la période, à condition que le salaire versé soit au moins égal aux indemnités dues.
• Autres cas : l'employeur peut seulement poursuivre auprès du salarié le remboursement des IJ, dans la limite du salaire maintenu pour la même période.

Conditions pratiques et cas des IJ supérieures au maintien

La fiche employeur d'ameli.fr, mise à jour le 8 janvier 2026, retient trois conditions : un salaire maintenu en totalité ou en partie, un montant maintenu au moins égal aux IJ de la même période, et un maintien prévu par la convention collective ou l'accord de branche.

Lorsque les IJ dépassent le salaire maintenu (fin de la période de maintien conventionnel, maintien partiel faible), la condition de l'article R323-11 n'est plus remplie : l'employeur ne peut récupérer les IJ que dans la limite de ce qu'il a versé, et l'excédent revient au salarié.

Pour mémoire, selon ameli.fr, l'IJ maladie représente 50 % du salaire journalier de base, après un délai de carence de trois jours, avec un maximum de 42,97 euros brut par jour pour les arrêts débutant à compter de juillet 2026.

Déclaration en DSN : signalement, dates et IBAN

Pour une entreprise en DSN, la demande se fait dans le signalement d'arrêt de travail, qui remplace l'attestation de salaire. Le guide DSN de l'Assurance Maladie indique un envoi dans les cinq jours suivant la connaissance de l'arrêt et précise qu'en cas de subrogation, les signalements peuvent partir au fil de l'eau ou avec la DSN mensuelle. Les blocs S21.G00.60.004 à 60.007 portent la subrogation, ses dates de début et de fin et l'IBAN.

• Date de début : premier jour de l'arrêt.
• Date de fin : durée maximale du maintien prévue par la convention collective, et non la fin d'arrêt indiquée sur l'avis (ameli.fr).
• Erreur de date : versement au salarié et notification de créance à l'employeur, ou l'inverse.
• IBAN : il doit correspondre au RIB enregistré en DSN.
• Maternité : signalement dans les cinq jours suivant le début du congé, avec la même rubrique subrogation (guide DSN).

Traitement sur le bulletin et réintégration au net imposable

Sur le bulletin, l'absence est valorisée, le maintien de salaire est versé selon la convention, puis les IJ subrogées sont déduites. Les IJ ne supportent pas de cotisations dans la paie : la CPAM précompte elle-même la CSG à 6,2 % et la CRDS à 0,5 % sur les IJ maladie (ameli.fr). Le complément employeur reste un salaire soumis aux cotisations.

Le net imposable doit ensuite intégrer la part imposable des IJ subrogées. Selon service-public.gouv.fr, sur la CSG de 6,2 %, seuls 3,8 points sont déductibles : la CSG non déductible (2,4 %) et la CRDS restent dans l'assiette imposable. impots.gouv.fr invite d'ailleurs le salarié à corriger sa déclaration préremplie en cas de subrogation.

• IJ maladie : imposables, sauf IJ liées à une affection de longue durée, exonérées (service-public.gouv.fr).
• IJ accident du travail ou maladie professionnelle : exonérées à 50 %.
• IJ maternité : imposables, y compris pour un congé pathologique. ameli.fr précise qu'un taux forfaitaire de 21 % est déduit avant versement au titre des cotisations salariales, de la CSG et de la CRDS : le montant à réintégrer se rapproche du bordereau de la caisse.

Comptabilisation de la créance sur la CPAM

Le plan de comptes 2026 de l'ANC ne prévoit pas de compte dédié aux IJ subrogées : chaque cabinet arrête sa pratique et la documente. Un schéma courant consiste à débiter un compte de tiers du groupe 43 (431 Sécurité sociale ou un sous-compte de suivi) au crédit du 649 Remboursements de charges de personnel ou du 641, puis à solder la créance à l'encaissement.

Attention au 4386 souvent cité : dans le plan 2026, il s'intitule Autres charges à payer, c'est un compte de dette. À la clôture, des IJ acquises mais non encore notifiées relèvent plutôt du 439 Organismes sociaux, produits à recevoir.

Suivre les IJ non perçues et régulariser

Selon ameli.fr, la CPAM verse les IJ à l'employeur en moyenne tous les 14 jours, avec un bordereau de paiement (BPIJ) consultable sur net-entreprises. Le rapprochement mensuel entre IJ déduites en paie et BPIJ reçus révèle les écarts : signalement rejeté, IBAN non reconnu, date de fin erronée, IJ versées au salarié.

Chaque écart appelle une relance de la caisse, une correction du signalement ou une régularisation des IJ estimées sur le bulletin suivant.

Ce qu'un agent IA prépare pour la subrogation

Un agent IA conçu pour votre cabinet croise signalements d'arrêt, BPIJ, convention collective et bulletins. Il prépare la date de fin de subrogation conforme au maintien conventionnel, la liste des IJ attendues et non reçues, le contrôle de la réintégration au net imposable et le projet d'écriture sur la créance CPAM, pièces à l'appui.

Le gestionnaire de paie vérifie, l'expert-comptable valide et décide : l'agent prépare, il n'envoie aucune DSN seul. Pour mesurer ce qu'un tel agent apporterait à votre pôle social, le diagnostic gratuit de DIAA se fait en cinq minutes en ligne.

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